V souvislosti s výskytem onemocnění COVID-19 způsobené novým koronavirem SARS-CoV-2 vydává Česká vakcinologická společnost ČLS JEP následující stanovisko k provádění preventivního očkování dětí: Provádění vakcinace dětí v rámci pravidelného očkování nebo hrazeného očkování je možné bez omezení i v současné epidemiologické situaci. Očkování není nutné odkládat. K zajištění včasné protekce je vhodné dodržení doporučených schémat pro danou očkovací látku. Odkládání očkování dětí může vést k prodloužení období vnímavosti k danému infekčnímu onemocnění a riziko nákazy vakcinací preventabilní infekcí je tak, při dodržování režimových opatření, vyšší, než riziko nákazy dítěte onemocněním COVID-19 od ostatních dětí či rodičů přítomných v čekárně lékaře. Očkování dětí v rámci preventivních prohlídek doporučujeme důsledně plánovat v jiných ordinačních hodinách, než pro akutně nemocné pacienty, aby nedocházelo ke kontaktu zdravých a nemocných dětí.
Očkování se neprovádí u dětí, které jsou v karanténě pro onemocnění COVID-19 nebo mají zvýšenou tělesnou teplotu a příznaky akutního onemocnění. V těchto případech se pokračuje v očkování po skončení karantény nebo vymizení příznaků akutního onemocnění.
Případná nepoznaná inkubační doba onemocnění COVID-19 u dítěte bez klinických známek onemocnění nepředstavuje riziko. V případě přeočkování po základním očkování je možné pro aplikaci booster dávek vakcíny využít maximální intervaly v souladu s vyhláškou o očkování nebo SPC vakcín.